MySQLのレプリケーション遅延

最近、MySQLのレプリケーションで謎の巨大遅延が発生しているのだけど、原因の調査が難航中・・・。

例によって、MySQLでごく普通のマスター/スレイブ型のレプリケーションシステムを構築して運用しています。で、ここのところ謎な巨大遅延が発生しているのですが、原因がいまいち不明で困っています。

とある処理を実行するまでは、スレイブはマスターにぴったりと追従して遅延はほぼ無い状態なんですが、とある処理を実行している間と結果がスレイブに伝搬するまでの間、見た目のレプリケーション遅延が著しく大きな値になってしまうんですよ。とある処理が開始されて実行が完了するまでの時間はおよそ数分ですが、この間、報告されるレプリケーションの遅延が2000秒?60000秒と巨大な値が報告されて心臓に悪いです・・・。

実行されているクエリを確認したところ、まぁ対象となるデータは少なくないので遅延が発生することはしようがない事なんですが、なんで実際に実行されている数十秒ではなく、その数十?数百倍の値が報告されるのか・・・。

だれか原因とか対処方法とかご存じないですか？